Francis Fukuyama stammt aus einer akademisch geprägten Familie und wuchs in New York auf. Sein Vater, Yoshio Fukuyama, der als Sohn japanischer Einwanderer bereits in den USA zur Welt kam, war Doktorand der Soziologie an der Universität Chicago und arbeitete als Theologe. Seine Mutter, Toshiko Kawata Fukuyama, wurde in Kyōto geboren und war Tochter von Shiro Kawata, dem Gründer der wirtschaftswissenschaftlichen Fakultät der Universität Kyōto und erstem Präsidenten der Städtischen Universität Osaka.

Er selbst studierte zunächst Politische Philosophie an der Cornell-Universität in Ithaca sowie Vergleichende Literatur an der Yale-Universität in New Haven. An der Harvard-Universität machte er schließlich seinen Abschluss in Politikwissenschaft. Während der Jahre 1979–1980, 1983–1989 und 1995–1996 arbeitete Fukuyama für die US-amerikanische Denkfabrik RAND Corporation, dazwischen war er für die US-amerikanische Regierung tätig. 1996–2000 war er Professor für Regierungslehre an der George-Mason-Universität in Washington. Bis 2010 war Fukuyama Professor für Internationale Politische Ökonomie an der Johns-Hopkins-Universität in Washington, seitdem ist er Olivier Nomellini Senior Fellow am Freeman Spogli Institute for International Studies der Stanford-Universität.

2015 wurde er mit dem Skytteanischen Preis ausgezeichnet. Fukuyama hat zu den wichtigsten Themen der neueren Weltpolitik Stellung genommen und sich als liberaler Denker etabliert.