Die Geschichte dreht sich um die Baker Street Irregulars – eine Gruppe von Strassenkindern aus dem viktorianischen London des Jahres 1885. Das eingeschworene Trio besteht aus dem pfiffigen Anführer Billy, der als Junge verkleideten Charlie und dem flinken Black Tom. Unterstützt werden sie von ihrer Katze Kiki und dem späteren Neuzugang Puck.
Die Kinder schlagen sich im kriminellen Armenviertel des East End durch und arbeiten gelegentlich als Spione und Informanten für Sherlock Holmes. Als Black Toms Freundin entführt wird und Holmes nicht in der Stadt ist, müssen die Kinder auf eigene Faust ermitteln. Sie nutzen die Tricks ihres Mentors, um eigene Fälle zu lösen. Dabei legen sie sich mit brutalen Gangs, Triaden in Chinatown und den Überresten von Professor Moriartys Organisation an.
